Инструкция по проверке диска на наличие ошибок.

Для ОС Windows:

Если ОС не загружается по ошибке, тогда нужно загрузиться с любого установочного iso-образа с Windows, и
запустить командную строку CMD (комбинация Shift+F10), после чего выполнить команду:

CHKDSK <буквенное имя исправляемого диск:> /F /R /X

Для ОС Linux:

Если ВМ загрузилась, то на экране будет показаны действия, которые необходимо выполнить.

Обычно нужно выполнить fsck -y /dev/sdXY(X - последняя буква раздела. Y - номер раздела например sda2). 
Второй вариант загрузиться Live CD и использовать утилиту по работе с диском (например GParted).